Sua pergunta é interessante, pois depende do ponto de vista. Não dá para dizer que PHP é melhor do que Javascript, ou Javascript Melhor que PHP, por que os 2 diferem em essência e se complementam nas tarefas. De forma que um trabalha só dentro do servidor (PHP) e outro somente na máquina local (no Browser). Os 2 tem foco em manipular o HTML (que é a essência da WEB) para que ele seja tratado dinâmicamente (adaptável segundo as necessidades). Javascript é sensível aos eventos do usuário (onclick, onmouseup…), PHP não. PHP faz acesso a Banco de Dados, Javascript não. Então para que a página seja agradável e rápida, alguns mascetes podem ser desenvolvidos para que tarefas em Javascript e em PHP sejam colaborativas (uma efetua o que a outra não pode fazer).

Sua preocupação sendo quanto a segurança, neste caso, aplica-se em vc desenvolver métodos de transferir as informações sem que elas possam ser lidas através do código fonte da página. As vezes existem páginas por aí que não tem cuidados quanto a segurança, por exemplo vc pode ter um link para um arquivo PHP que envia email para um contato apresentado. Se vc observar a questão de segurança, deixará que este link apenas possua o código do destinatário no banco de dados, ex: <a href=”formulario_email.php?id=30″ rel=”nofollow”>Enviar email para o contato</a&gt. Neste caso vc estaria pedindo a abertura de um formulário de contato para envio de email, não informando o endereço do destinatário, ao clicar em enviar email, neste formulário, este deve enviar apenas o id, e o programa responsável pelo envio de email lá no servidor se encarrega de buscar no banco de dados o endereço de email do id 30, antes de enviar. Desta forma, mesmo que um usuário tente ver o código fonte da página… não vai aproveitar o número 30 pra muita coisa. Já um caso semelhante sem cuidados de segurança fircaria: < a href=”formulario_email.php?id=fulano@servidor_de_email.com.br” rel=”nofollow”>Enviar email para o contato</a>. Onde fica óbvia a lambança. É claro, este é um exemplo muito simples, existem inúmeros fatores que devem ser observados e que influenciam na preservação dos dados, de forma que cada linguagem tem suas particularidades. E esta questão da segurança, está mais para os cuidados que o programador tem que ter quanto ao tráfego, e codificação das informações do que para uma preocupação com os recursos que a linguagem oferece.

Ok, sei que minha resposta não foi tão objetiva quanto vc esperava, mas realmente este assunto é bastante amplo.